Фонды музея формируются с целью отразить историю края с древнейших времен до наших дней, а также различные события в Латвии и за ее пределами, связанные с Даугавпилсским краем, знаменитыми земляками и т.д. Фонды музея очень богаты и насчитывают около 100 тысяч музейных предметов. Наиболее многочисленными являются коллекции археологии, этнографии, нумизматики, бонистики, фотографий, документов, произведений искусства, природных объектов и др.